下载数据集
一共有4种方式：
spreadsheet的下拉菜单中有Download按钮，用于下载此单个column上的数据。
整个Visual Spreadsheet网页的右上角有一个下载按钮，用来下载当前页面中所有columns的数据。
想要下载整个数据集，则需要进入DATA SETS，进入对应数据集的页面，选择其下载链接进行下载。
还可以使用python和R的APIs进行下载，这将在和中具体介绍。
所管理的数据集
主要分为两大块：
TCGA，最常使用的数据集，其数据有以下4个版本：
- TCGA Pan-Cancer Atlas，TCGA团队将33种癌症的基因组数据进行了整合，进行了泛癌研究。此数据集即TCGA团队在进行泛癌研究时使用的数据集，也可以看做是最终的数据集。
- TCGA data from Genomic Data Commons，使用最新的Human Genome Assembly hg38，对TCGA数据重新进行了分析。所有的open-access数据被下载，并保存到UCSC Xena中，根据癌症的种类被分成了33个单独的studies。
- TCGA data in the UCSC RNA-seq Recompute Compendium，使用UCSC bioinformatic pipeline（TOIL RNA-seq）对TCGA数据和GTEx数据进行了共分析（co-analyzed），可以用于比较tumor gene/transcript和normal gene/transcript的差异。
- Legacy TCGA data，Pan-Cancer Atlas公布之前使用的TCGA数据，UCSC Xena hosts其level-3 data。
关于TCGA的数据的进一步详细信息，我将另开一个来记录，其中将详细讲述这些数据。
其他
- UCSC RNA-seq recompute compendium：这个实际上和上面的TCGA data in the UCSC RNA-seq Recompute Compendium是一个数据集，这里之所以再介绍一遍，是因为这个项目中除了TCGA的数据外，还有TARGET和GTEx的数据集。
- ICGC：全称International Cancer Genome Consortium，致力于描述癌症在全球范围内的基因组、转录组、表观组的变化。除了TCGA作为美国小组的数据外，还有来自世界其他各地ICGC小组成员提供的数据。其中UCSC Xena管理的是其中公开的non-coding somatic mutation data。
- MET500：此数据来自研究： Robinson et al 2017 Integrative clinical genomics of metastatic cancer，是关于癌症转移性的研究。
- CCLE：全称Cancer Cell Line Encyclopedia。是对于人类细胞系基因特征和药理学特征的综合描述。
