UCSC Xena绘制Kaplan-Meier曲线

介绍Kaplan-Meier曲线的文章。

绘制K-M曲线是简单的，只需要在相应的spreadsheet的菜单中选择'Kaplan Meier Plot'即可。

绘制时，所有的缺失值被移除

分组

1. 对于连续性变量，如果一个spreadsheet中存在多个变量，则首先求其平均值。然后会有以下3种分组方式可以选择：

   • 2 groups，使用median划分；
   • 3 groups，将数据按照值的大小排序后3等分；
   • quartiles，只保留小于25%分位数和大于75%分位数的样本并作为两组。

2. 对于分类变量，则至多只会展示其前10个类别。

3. 对于mutation数据，将样本划分为有突变和没有突变两个组。

4. 也可以定义自己的subgroups，详见。

注意事项

1. 如果存在重复样本（比如同一个人的正常组织和肿瘤组织），则得到的p值会存在警告，需要使用filter将重复的数据滤除。

   
   

2. 使用log-rank检验，等同于R中的survdiff。

3. 如果数据从存在不同的生存时间类型，则可以选择不同的生存类型可视化。

4. 可以选择生存数据到底截止到1年还是5年。