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论文精读-DeepBind预测DNA/RNA蛋白结合位点-2015 论文精读-DeepBind预测DNA/RNA蛋白结合位点-2015
Predicting the sequence specificities of DNA- and RNA-binding proteins by deep learning 杂志: Nature Biotechnology IF: 分区
2020-07-27 Paper Method
Deep Learning Omics
论文精读-deepNF预测蛋白质功能-2018 论文精读-deepNF预测蛋白质功能-2018
本研究提出了一种新的整合多种蛋白质网络、提取蛋白质特征的方法用于预测蛋白质功能。其特点在于使用深度自编码器来融合多个网络的信息并提取特征（相对于其领域之前的方法mashup），并在yeast和human的数据集上进行了验证，显示出良好的效果。
2020-06-03 Paper Method
Deep Learning Omics
论文精读-使用VAE整合多组学数据进行PanCancer分析-OmiVAE2019 论文精读-使用VAE整合多组学数据进行PanCancer分析-OmiVAE2019
本研究提出了一个基于VAE的多组学模型，可以进行多组学降维和基于此的end-to-end的分类任务。本研究在TCGA pan-cancer的癌症类型分类任务上验证了该模型，体现出优异的性能。在我看来，其依据染色体分组提取特征的思路是亮点之一。
2020-05-21 Paper Method
Deep Learning Omics VAE
论文精读-PAMOGK-2019 论文精读-PAMOGK-2019
本研究是一项多组学亚组聚类的方法学研究。本研究提出了一种基于graph kernel和multi-view clustering的多组学聚类方法，其可以将pathway数据和多组学数据（RNAseq、somatic mutations和RPPA等）结合进行聚类分析。在TCGA-KIRC上进行了验证，效果不错。
2020-05-19 Paper Method
Omics Machine Learning Cluster
论文精读-基于RNN的GRN-2016 论文精读-基于RNN的GRN-2016
本研究提出了一种混合方法，将RNN和Kalman滤波器结合在一起，来构建基因调控网络，并在多个数据集上进行了验证。
2020-05-17 Paper Method
Deep Learning Omics Network